Директор: Назиф Џафери
Директоратот за билатерални односи со европски држави донесува годишни планови и извештаи за работата; ги планира, организира, координира и ја следи билатералната соработка и односите на Република Северна Македонија со европските држави; учествува во формулирање и спроведување на утврдените надворешно-политички ставови на Република Северна Македонија; следи, анализира и информира за внатрешниот развој и односите во европските држави; обезбедува координација и соработува со надлежни институции и органи во државата; дава упатства и инструкциина претставништвата во овие држави и ја следи нивната работа; соработува со акредитираните претставништва на овие држави во Република Северна Македонија; управува и ја организира работата на секторите и одделенијата во негов состав;ја изработува и спроведува програмата за подготовка на вработените пред упатување во претставништвата; ја оценува работата на организационите единици и претставништвата од негова надлежност; врши и други работи од својот делокруг.
Сектор за Југоисточна Европа
Секторот за Југоисточна Европа подготвува годишни планови и извештаи за работата; ги врши и координира активностите и задачите што се однесуваат на билатералните односи и соработката на Република Северна Македонија со Бугарија, Грција, Србија, Албанија, Косово, Босна и Херцеговина, Словенија, Хрватска, Црна Гора, Турција, Романија, Молдавија, Кипар; следи, анализира и информира за развојот на билатералните односи и предлага мерки и ставови за нивно унапредување; следи, анализира и информира за внатрешниот развој и надворешната политика на овие држави; подготвува и учествува во политички консултации; обезбедува координација и соработува со надлежните институции и органи во државата; подготвува упатства и инструкции на претставништвата во овие држави и ја следи нивната работа; соработува со акредитираните претставништва на овие држави во Република Северна Македонија; ја организира и оценува работата на одделенијата во негов состав; врши и други работи од својот делокруг. Во рамките на овој Сектор се Одделението за непосредно соседство и Одделението за пошироко соседство.
Сектор за Западна, Северна и Централна Европа
Секторот за Западна, Северна и Централна Европа подготвува годишни планови и извештаи за работата; ги врши и координира активностите и задачите што се однесуваат на билатералните односи и соработката на Република Северна Македонија со Обединетото Кралство на Велика Британија и Северна Ирска, Ирска, Исланд, Белгија, Холандија, Луксембург, Германија, Франција, Шпанија, Португалија, Италија, Андора, Малта, Сан Марино, Монако. Светата Столица, Шведска, Финска, Норвешка, Данска, Естонија, Летонија, Литванија, Унгарија, Чешка, Словачка, Полска, Австрија, Швајцарија и Лихтенштајн; следи, анализира и информира за развојот на билатералните односи и предлага мерки и ставови за нивно унапредување; следи, анализира и информира за внатрешниот развој и надворешната политика на државите; подготвува и учествува во политички консултации; обезбедува координација и соработува со надлежните институции и органи во државата; подготвува упатства и инструкции на претставништвата во овие држави и ја следи нивната работа; соработува со акредитираните претставништва на овие држави во Република Северна Македонија; ја организира и оценува работата на одделенијата во негов состав; врши и други работи од својот делокруг. Во рамките на овој Сектор се Одделението за Западна Европа I, Одделението за Западна Европа II, Одделението за Северна Европа и Одделението за Централна Европа.