Директор: Џенк Сејфула
Директоратот за Европска Унија донесува годишни планови и извештаи за работата; ги планира, организира, координира и следи активностите и задачите што се однесуваат на процесот на пристапување на Република Северна Македонија во Европска Унија, на политичките и институционалните односи и соработка со Европска Унија; се грижи за спроведување на утврдените надворешно–политички ставови на Република Северна Македонија во однос на ЕвропскаУнија; следи, анализира и информира за внатрешниот развој и политиките на Европска Унија, како и за развојот и унапредувањето на регионалната соработка; обезбедува координација и соработува со надлежни институции и органи во државата; дава упатства и инструкции на мисијата при Европска Унија и на други претставништва на Република Северна Македонија и ја следи нивната работа; соработува со Делегацијата на Европска Унија исо акредитираните претставништва на државите членки во Република Северна Македонија; учествува во преговарачките структури на Република Северна Македонија за преговори за членство во Европска Унија; претседава со Работната група за Поглавјето 31 Заедничка надворешна безбедносна политика;управува и ја организира работата на секторите и одделенијата во негов состав;ја изработува и спроведува програмата за подготовка на вработените пред упатување во претставништвата; ја оценува работата на организационите единици и претставништвата од негова надлежност; врши и други работи од својот делокруг.
Сектор за пристапување кон Европска Унија
Секторот за пристапување ко Европска Унија подготвува годишни планови и извештаи за работата; ги врши и координира следните активности и задачи: подготовка и учество на Република Северна Македонија во процесот на пристапување во Европска Унија; соработка со надлежните институции и органи во државата и учество во подготовката и работата на телата кои ја сочинуваат институционалната структура за водење на пристапните преговори; соработка со институциите и телата на Европска Унија и со државите членки на Европска Унија во процесот на пристапување во Европска Унија; следи, анализира и информира за развојот на односите помеѓу Република Северна Македонија и Европска Унија и се грижи за нивното унапредување; го подготвува учеството на Република Северна Македонија во политичкиот дијалог со Европска Унија; ја следи и анализира политиката на проширување, Процесот за стабилизација и асоцијација, исполнувањето на обврските од договорните односи Република Северна Македонија - Европска Унија, вклучително подготовка и учество во работата на Советот за стабилизација и асоцијација Република Северна Македонија -Европска Унија и другите тела формирани со Спогодбата за стабилизација и асоцијација;подготвува упатства и инструкции на мисијата при европска Унија и претставништвата на Република Северна Македонија и ја следи нивната работа; соработува со Делегацијата на Европска Унија исо акредитираните претставништва на државите членки на Европска Унија во Република Северна Македонија; ја организира и оценува работата на одделенијата во негов состав; врши и други работи од својот делокруг. Во рамките на овој Сектор се Одделението за пристапување и преговарање со Европска Унија и Одделението за билатерални односи и соработка со институциите на Европска Унија.
Сектор за политики на Европска Унија
Секторот за политики на Европска Унија подготвува годишни планови и извештаи за работата; ги врши и координира активностите и задачите што се однесуваат на политиките на ЕвропскаУнија; го подготвува учеството на Република Северна Македонија во формалните и неформалните политички форуми ЕвропскаУнија- Западен Балкан и други политички настани; следи, анализира и информира за внатрешниот развој на ЕвропскаУнија; ги следи, координира и спроведува активностите на Република Северна Македонија во областите на заедничката надворешна и безбедносна политика и европската безбедносна и одбранбена политика на ЕвропскаУнија, следи и информира за улогата на ЕвропскаУнија во глобалните односи; ги врши и координира работите што се однесуваат на учеството и претставувањето на Република Северна Македонија во организациите, иницијативите и форумите за регионална соработка во Југоисточна Европа поврзани со политиката на проширување на ЕвропскаУнија; подготвува упатства и инструкции за мисијата при ЕвропскаУнија и претставништвата на Република Северна Македонија и ја следи нивната работа; соработува со Делегацијата на ЕвропскаУнија и акредитиранитепретставништва на државите членки на ЕвропскаУнија во Република Северна Македонија; ја организира и оценува работата на одделенијата во негов состав; врши и други работи од својот делокруг. Во рамките на овој Сектор се Одделението за заедничка надворешна и безбедносна политика, Одделението за регионална соработка и Одделението за политики на Европска Унија.