Departamenti i Auditit të Brendshëm si njësi e veçantë organizative në kuadër të ministrisë e cila për punën e vet përgjigjet para ministrisë, sjell plane vjetore të punës dhe në përputhje i kryen aktivitetet dhe detyrat në vijim:
- Ndjek legjislacionin në fushën e mbikëqyrjes së brendshme në Republikën e Maqedonisë së Veriut dhe standardet ndërkombëtare të revizionit;
- Zbaton kontroll të harmonizimit të punës me ligjet dhe aktet nënligjore;
- Zbaton mbikëqyrje të brendshme financiare në ministri dhe zyrat e përfaqësimit dhe përgatit raporte;
- Kontrollon saktësinë dhe plotësimin e regjistrave të kontabilitetit dhe raportet financiare;
- Analizon ekonominë, efikasitetin dhe efektivitetin e sistemeve të menaxhimit financiar dhe të kontrollit;
- Bashkëpunon me institucionet kompetente dhe organet në vend;
- Përgatit raport vjetor të punës;
- Kryen edhe punë të tjera nga fushëveprimi i tij.